در طبقه بندی علوم طبق نقل از آیت اله جوادی آملی در کتاب فلسفه صدرا، اول فلسفه است ، بعد از آن ریاضی و بعد از ریاضی علوم دیگر است . علم فلسفه هم از ارتباط تمام حواث و معلولها با علت العلل و علت اصلی یعنی واجب الوجود یا نورالانوار که ذات اقدس ربوبی است سخن می گوید و هم برای ایجاد علوم زیرین چارچوب و الگو ارائه می دهد. اما در مکاتب انسان گرا و مادی گرا، علوم را مستقل و دارای اصالت تعریف کرده اند تا محدودیت و تابعیت به خدا را از بین ببرند. فلسفه نقطه ی کانون و اتصال علوم دیگر به هم بوده و حذف آن اگر چه علوم زیرین را اصالت و استقلال می بخشد ولی 1.ارتباط علوم را با هم قطع می کند 2. از بررسی سلسله محدود علل که بخدا ختم می شود خبری نیست.

ابونصرفارابی و ابوعلی سینا فلسفه های برهانی و استدلالی را ارائه کردند . حکیمی از سلاله ی حکمای الهی در مشرق جهان اسلام به نام شهاب الدین یحیی بن حبش سهروردی مشهور به شیخ اشراق فلسفه اسلام را وارد مرحله ی جدیدی کرد و به فلسفه دیدی شهودی بخشید و بعدها ملاصدرا ملقب به صدرالمتألهین فلسفه اشراقی سهروردی را تبیین می کند تا وحدتی در بین فلاسفه ایجاد شود و بعد آن را توسعه می دهد و حکمت متعالیه خود را بنا می کند تا چهار جریان فکری جهان اسلام (فلسفه برهانی ، فلسفه اشراقی ، کلام و عرفان) را در آن گرد هم جمع کند .

تمام عالمان ریاضی،فیزیک،شیمی،نجوم و ... مسلمان قبل از آنکه در این رشته ها متخصص باشند، فقیه، فیلسوف و عارف بوده اند . اروپائیان نیز در آن زمان به دلیل نفوذ علمی سیاسی و نظامی جهان اسلام در اروپا شاهد ظهور و بروز تفکر علمی و اسلامی بوده و به جد این وقایع و حوادث را دنبال می کردند ریاضیات و فیزیک قدیم که به نام کلاسیک یا نیوتنی شناخته می شود از فلسفه برهانی و استدلالی سینوی است که مرو جان آن در اروپا ابن رشد ابن طفیل و ابن بجه بوده اند ، ابن رشد و ابن بجه و ابن هیثم از این فلسفه ها ، علوم ریاضی و فیزیک و غیره را استخراج کردند که به جبر به نیوتنی معروف شده است . علوم نیوتنی یا کلاسیک زحمات زیادی برای اروپائیان در بر نداشته چون مبانی آن یا جعل می شده یا به اسم اروپائیان ثبت می شدند ولی فهم فلسفه اشراقی و صدرایی برای اروپائیان زمان بر بوده و استخراج فیزیک نوین از فلسفه اشراقی و صدرایی کاری بس سنگین بود و ارائه نتایج و دستاوردهای علوم نوین سال ها بعد اتفاق افتاد و احتمالا بعضی از نتایج، قرنی یا دهه ای قبل تر کشف شده بود ولی به دلایلی قرنها یا دهه ها مسکوت ماند تا به اسم کسی دیگر ثبت شود و قبلش کل ابعاد آن به فرد مورد نظر آموزش داده شوند. شاید دلیل این کار این بوده که ارائه حجمی غیر قابل باور و انتظار از علوم تجربی، عرصه را برای تغییر افکار و ایجاد مکاتبی غیر الهی مساعد و مناسب کند.

            متأسفانه موج این جریان، قرنی است که در مملکت ما نیز اعمال شده است و جوامع امروز ما مدینه های جاهله هستند که خالی از مبانی اخلاق، حکمت و معارف کاملا علمی و کاربردی بوده و ارزشها و ایدئولوژی های طبیعی درون خانواده ها برای زندگی مقطعی ، بدون چشم اندازه انسانی معین می باشد حتی نیازها و هدف از زندگی درون خانواده ها فقط تأمین امیال و غرایض بوده که فقط با حواس پنجگانه قابل درک باشد.

            نظام آموزش فعلی کشور از نوع فرانسوی بوده و تاکنون تغییر آنچنانی نداشته  و سالیانی ست که معلمان باطرز فکر جدید هر بار می آیند و تغییراتی را در این نظام آموزشی بوجود می آوردند و به دلیل نواقصی نفر بعد می آید و تغییرات جدیدی را اعمال می کند ولی پیکره نظام آموزشی با رشد و تعالی همراه نبوده است و بیس آن همان نظامی است که از غرب گرفته شده فقط دکور و تزئیناتش تغییر کرده است .

            پیشوایان دین ما اعتقادشان بر این بود که حکمت گمشده مومن است ، پس باید آن را طلب کند حتی اگر نزد مشرک باشد و همچنین فرموده اند که حکمت و معرفت را به فرزندانتان تعلیم دهید. ابونصر فارابی نیز صحبت از مدینه فاضله و جاهله به میان آورده است . وجود حکمت و معرفت و اخلاق جوامع رابه مدینه فاضله شدن سوق می دهند .

            خلاء بزرگی که در نظام آموزشی ما وجود دارد خلاء علوم و معارف اسلامی است مثل اخلاق، حکمت و معرفت که بارها به آنها اشاره شده است خصوصا حکمت و فلسفه که علوم عقلانی هستند که هم چگونگی تفکر را آموزش می دهند و هم با عث تعالی فکر می شوند فلسفه، اول فکر را برای یادگیری علوم دیگر خصوصا ریاضی، فیزیک و غیره آماده و ورزیده می کند و سپس راه های یافتن ایدئولوژی مناسب برای آن علوم را پیش روی قرار می دهد. البته فلسفه خالی کفایت نمی کند بلکه فیلسوفی مجری و اهل عمل نیز لازم است تا فلسفه را نه بعنوان یک علم صرفا نظری بلکه به عنوان یک علم مولد، عامل، پرتکاپو و جنبش ساز آن را تعلیم دهد چون فلسفه خالی و بدون معلمی فیلسوف جوامع را به مدینه های فاضله رهنمون نمی سازدبلکه فقط در حد نظریه مطرح می شود.

            خلاء فلسفه و اخلاق تنها مشکل نظام آموزشی نیست اصالت بخشی و متن قرار دادن علوم تجربی، محسوس نکردن نیاز به علومی مثل عربی و ادبیات و نگارش دیگر مشکلات نظام آموزشی می باشد. ریاضیات  و فیزیک و علوم تخصصی را در شرایطی اعمال و اجباری می کنند که فکر تحت تأثیر فلسفه قرار نگرفته تا آمادگی و ورزیده گی برای فکر ایجاد شود و این بیشتر شبیه کوبیدن میخ در سنگ است. منابع علمی موجود در نظام آموزشی بدون بیس فلسفه زمینه را مانند باتلاقی می کند که عمودهایی در آن کوبیده شده طوریکی مسیر مستقیمی در آن وجود نداشته و حتی از سقف نیز محصور شده تا محدودیت بیشتر شود این حالت شبیه به دربند و زنجیر شدن نیز می ماند . ایدئولوژی فعلی آموزش و پرورش افراد را فصل فصل و طبقه طبقه می کند که این خود بی عدالتی است و این مطلوب پایه گذاران فرانسوی آن است که حتی بعد از انقلاب نیز آقایانی که چشم دور، دست گرفته اند تا شیوه های جهانی آموزش را رصد کنند اهداف آنها را تأمین می کنند البته جو روانی ای که این موضوع ایجاد می کند و دانش آموزان را تحت فشار قرار می دهد بماند که انرژی و زمان آنها را تلف می کند.

            اما وجود فلسفه ای پویا هر چند سطح پایین زمینه فکری را برای تفکر، حرکت و جنبش فکری و محدود نشدن به علوم تجربی و تکرار هر روزه آن و حتی به روز کردن علوم تجربی و دربند و زنجیر نبودن قواعد تجربی در عین بندگی را فراهم می سازد. در شروع شاید فلسفه در کتاب دیده شود ولی پس از مدتی آموزش فلسفه یا در حین مطالعه کتاب ، فضا و محیطی که برای درک مفاهیم آن در ذهن ترسیم می شود فضایی فراتر و بزرگتر از حجم کتاب و محیط پیرامون بوده و خلاء این علم در نظام آموزشی باعث می شود که فکری که آماده و ورزیده نشده، وقتی علوم را به آن تحمیل و اجبار می کنند هم به دلیل نداشتن چارچوبی برای دریافت و تحلیل علوم و نداشتن دلیل مشخص و معین برای یادگیری و هم چشم اندازی که با عنوان دلیل یادگیری علوم تجربی ارائه می شود از جانب عقل و فکر افراد پس زده شود و هزینه و زمانی صرف آن نکنند.

            درک مطلب بالا تقریبا ساده است و اگر با مثالی آن را تشریح کنیم هم مطلب بالا باز می شود و هم اهداف پنهان پشت مسائل نمایان می شود مثلا هدف از خواندن ریاضی، فیزیک و شیمی ، دست یابی به علم ساخت ماشین آلات و مواد و غیره است و این دلیلی است که اروپائیها به کشورهای دیگر دیکته کرده اند در صورتیکه همان کسانی که این دلایل را ارائه کرده اند برای رفع نیازهای خود اول نیازها را طبقه بندی می کنند بعد چارچوب ها و موجودیت نیاز موجود و راه حلهای آن را از لحاظ فلسفه بررسی کرده و سپس قواعد عملی کردن آن را با ریاضی و فیزیک و غیره ترسیم می کنند یعنی اینکه چه در آموزش، چه در طراحی، چه در مباحث کاربردی و اجرای قضیه که داده اند بخش فلسفی آنرا نداده اند یا آنکه خود برداشت کرده ایم حذف شده تا برداشت ما ناقص باشد.

            آیت ا... جواد آملی از بالاتر بودن فلسفه نسبت به علوم دیگر در طبقه بندی علوم صحبت کرده اند که در علوم کاربردی امروز بخش علوم فلسفه را در صحنه بروز و نمایش حذف کرده است ولی خود در پشت پرده اختصاصی و محرمانه استفاده می کنند. حذف بخش فلسفه که حذف تنها نقطه مشترک علوم است باعث قطع ارتباط مشتقات فلسفه با یکدیگر می شود این کار اگر چه به علوم مشتقی استقلال و اصالت می دهد ولی بار فرسایشی زیاد هم در مبانی و هم در خروجی داشته اگر بوسیله فلسفه علوم مشتقی آنرا اتصال دهیم خیلی از عوامل که بارفرسایشی علوم مستقل به حساب می آید در عمل اتصال موازنه و از بین می رود همچنین دیگر مشکلات نیز از بین می رود. آیت ا... جوادی آملی در جایی دیگر از آن کتاب گفته اند که: « علوم را هرچقدر بشکافند به آخر آن نمی رسند.» شکافتن علوم بدون نگاه به فلسفه باعث مشغولیت و دور شدن از هدف اصلی است ولی این مشغولیت در تفکر دانشمندان و جوامع هدف اصلی تعریف شده است گاهی اوقات بعمد بخش بی ارزشی از علوم را مخفی نگه می دارند تا هم با ایجاد تلاش کاذب از طرف مقابل باعث مشغولیت بیشتر او شوند و هم به آن بخش بی ارزش اصالت ببخشند.مطالعه فلسفه هم باعث تعالی عقلی می شود هم دید جدیدی نسبت به محیط پیرامون و دنیا می بخشد و هم ابزارهای حل مشکلات یا تغییرزندگی را می سازد ولی رهایی از فلسفه و غرق شدن در شکافتن علوم باعث انحراف از مسیر اصلی علم و دوری از منبع اصلی تمام علوم یعنی خداشناسی است .

            مسئله ای که در پزشکی نیز به دلیل مشغولیت شکافتن این علم فراموش شده یا نادیده گرفته شده است عاملیت اثر گذاری زمین و ماه بر ذرات و بافتهای بدن می باشد نه تنها پزشکی بلکه علوم دیگر نیز برای دورتر شدن از اتصال و انطباق با فلسفه و کسب استقلال بیشتر در گذاری از مدرنیته به پسا مدرنیته تعریف می شود.تعریف این گذار هر گونه شک و ابهام و نمایان شدن نقصهای علوم در عصر مدرنیته را از بین می برد و جنبشی هرچند کاذب ولی نوظهور را ایجاد می کند که شک و ابهامها را کاملا به فراموشی می سپارد تا خوابهای خرگوشی و رویاهای مادیتی را که هر روز تغییر رنگ می دهد را برهم نزند.مثلا علم پزشکی دلایل بیماری سرطان را استفاده از مواد شیمیایی یا آلودگی هوا یا قرار گرفتن در محدوده مصنوعات فعال بشری تعریف کرده اند ولی دلیل واقعی این بیماری به مرکز زمین و کم شدن ارتفاع ذخایر نفتی است بعبارت دیگر استخراج نفت باعث شدت و قوت بیماری سرطان می شود نه مصرف آن . فیلم «پچ آدامز» فیلمی است که پزشکی مدرنیته را نقض می کند تا بستری برای پزشکی پسامدرنیته فراهم سازد و در نتیجه هیولای استعمار و استبداد و استکبار و مکاتبی چون اومانیسم و سکولاریسم حیات و دوام پیدا کند. مصیبت زمانی محسوس تر و ملموس تر می شود که معلوم شود در ایران اسلامی ، سرزمینی که مهد فلاسفه اسلامی و عصر جدید است مقاومتی به عمل که نمی آید هیچ بلکه در بین نخبگان و خبرگان علمی اشتیاق زیادی برای ترویج و تبلیغ آن نشان می دهند.

            در جامعه ما فارغ التحصیلان مقاطع مختلف به تناسب مقطع و درجه تحصیلی خود فعالیت و تکاپو نداشته واین نیز بدلیل خلاء فلسفه است که متاسفانه معلوم نیست آقایان روحانیون و حضرات اساتید حوزه که محدودیت و شروطی برای مطالعه فلسفه قاعلند و اجازه نمی دهند فلسفه، عرفان، اخلاق و کلام از دیوارهای حوزه عبور کند و در مراکز غیر از حوزه تدریس شوند یا آقایان کت و شلواری خارج برگشته علوم تجربی و فارغ التحصیل دانشگاهی تمایلی به ورود این دروس به دانشگاه و مدارس ندارند والا پیشتر مقام معظم رهبری هم به بسط حکمت اشراقی و صدرایی و هم توسعه ای اقتصاد غیر نفتی و گازی و پلمپ چاههای نفت که تقریبا همگی لازم و ملزوم همدیگر بوده یا همدیگر را پوشش می هند اشاره و تأکید کرده اند. در واقع همان دلیل بیماری سرطان می تواند دلیل گرم شدن و سوراخ شدن لایه ازن ، آب شدن یخهای قطب ، و انقراض بی دلیل گونه هایی از حیات وحش که توسط انسان شکار نمی شوند باشد.